Es el espacio en el que jóvenes delegados de las Arqui/Diócesis/Vicariatos, de la Pastorales Específicas de Juventud, Congregaciones Religiosas con Carisma juvenil, Movimientos Eclesiales y Nuevas Comunidades Juveniles, Asesores, representantes de los Equipos de Apoyo, Servicios de Formación y miembros de la Comisión Nacional, definen el caminar de la Pastoral Juvenil del país.

Es el mayor ámbito de carácter deliberativo. Se profundiza la propuesta, se toman las opciones pedagógicas y metodológicas para el trabajo, se elaboran los planes nacionales y nacen los proyectos que se impulsarán en el país para la evangelización de los jóvenes y la construcción de la Civilización del Amor.

Según las diversas realidades, la Asamblea Nacional se puede reunir anualmente o bien hacerlo cada dos o tres años, dado que exige mucha preparación, participación de un número grande de delegados y tiempo para que las decisiones sean implementadas, ejecutadas y evaluadas.